整合多组学数据,华大基因团队图神经网络模型SpatialGlue登Nature子刊

空间转录组学是生物样本分析领域的重大进展,多组学数据整合至关重要。由新加坡科技研究局、华大基因和上海交通大学医学院附属仁济医院等组成的研究团队提出了 SpatialGlue 图神经网络模型,能以空间感知方式整合多组学数据。目前空间多组学数据整合面临挑战,而 SpatialGlue 是基于图神经网络的深度学习模型,先构建空间和特征邻居图,再通过编码器和聚合层学习表示。研究证明,SpatialGlue 分辨率更高,能捕获更多解剖细节,在多个数据集上表现优于其他方法,广泛适用于多种技术平台,未来还有多种扩展可能。该研究成果发布在《Nature Methods》上。

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